据《纽约邮报》10月24日报道，小约翰·肯尼迪的遗体在大西洋水下116英尺处被找到，而就在几个小时前，搜救团队刚开始讨论是否终止这场大规模行动。此次搜救任务的负责人向《纽约邮报》讲述了这段经历。
1999年7月16日夜间，小肯尼迪驾驶的飞机失联。美国政府随即展开了一场规模空前的海上搜救行动，这在美国历史上针对平民的搜救中名列前茅。搜寻工作持续了四天，搜救人员筋疲力尽，却一无所获。搜救对象包括小肯尼迪、他的妻子卡罗琳·贝塞特及其姐妹劳伦。到第四天，官员们已开始讨论结束行动的可能性。海岸警卫队上校拉塞尔·韦伯斯特与少将理查德·拉拉比、美国国家运输安全委员会主席吉姆·霍尔及执行主任皮特·戈尔茨在联合指挥所商讨了收队安排。
然而，就在他们讨论结束搜救时，高科技声呐扫描仪几乎奇迹般地在海底找到了小肯尼迪的遗体。遗体距飞机残骸约10英尺，而卡罗琳和劳伦的遗体仍被安全带固定在残骸内的座位上。坠机地点位于玛莎葡萄园岛西南海岸外约7英里处。“小约翰·肯尼迪当时在飞机外面。我们当时考虑过，如果再过一天，在1.6节流速的海流作用下，他可能就已被冲走了。”时任搜救任务行动指挥官的韦伯斯特说道。“如果再过一天，他们可能就永远找不到他了。”韦伯斯特的妻子、海事历史学家特蕾莎·米切尔·韦伯斯特回忆道。
这对夫妇合著了《最后一次飞行：搜寻小肯尼迪不为人知的故事，以及一场与大西洋的赛跑》。书中详细记述了侧扫声呐和水下摄像机如何找到这位被美国民众昵称为“美国的儿子”的人物。该书于10月13日出版。声呐发现的第二天清晨，也就是38岁的小肯尼迪驾驶“萨拉托加II”型飞机在浓雾中坠毁五天后，潜水员打捞起三具遗体。33岁的卡罗琳和34岁的劳伦最终只能靠两人发色的差异确认身份。“国家运输安全委员会的法医人类学家告诉我们，两人已经无法通过面貌辨认。”特蕾莎说道。
三人当天从新泽西州考德威尔出发，前往玛莎葡萄园岛，准备参加小肯尼迪堂妹罗里的婚礼。韦伯斯特解释说，小肯尼迪当时按照目视飞行规则飞行。这意味着“联邦航空局没有跟踪他的飞机，他相信自己能依靠目视观察和灯塔、工厂这类地理参照物导航”。他此前已在新泽西与玛莎葡萄园岛之间飞行过35次。
由于尚未完成仪表飞行训练，他只能依赖目视参照——在取得认证飞行教员资格所需的25个课程模块中，他只完成了12个。“7月1日，也就是他起飞前15天，他的一位认证飞行教员对他说：‘约翰，你还没有准备好，你需要更多的仪表经验。’”韦伯斯特说。他在海岸警卫队服役了26年。
小肯尼迪在仪表方面的欠缺，削弱了他在能见度不佳条件下飞行的能力，并可能引发空间定向障碍。国家运输安全委员会的报告认定，飞机当时以每分钟4700英尺的速度坠落。“以那样的速度、从那样的高度落下，水面只比水泥软一点点——当时时速接近60英里。”韦伯斯特说。搜救人员当时在与时间赛跑，力求赶在人类和动物食腐者之前找到遗体、飞机残骸和他们的遗物。
小肯尼迪的飞机于1999年7月16日星期五从新泽西州考德威尔起飞，前往玛莎葡萄园岛，随后失联。韦伯斯特在职业生涯中执行过10000次任务。据他估算，这次搜救行动的范围横跨科德角与长岛之间100海里的海域，来自至少28个地方、州和联邦机构的数千名人员参与其中，总花费最高达500万美元。为调查和撰写《最后一次飞行》，夫妇二人花了15年时间，进行了近45次采访。“我们最终能写成这本书，其中一个原因是：许多早先表示不愿参与的当事人已经从联邦政府部门退休，话变多了，也更愿意回顾往事。他们也明白，把这个故事讲出来有多重要。”韦伯斯特解释说。
特蕾莎的朋友玛丽亚·胡顿，嫁给了小肯尼迪的叔叔、参议员特德·肯尼迪的一位密友。飞机失联后的第二天，她正在这位参议员家中。“她告诉我们，她看见约翰的西装挂在洗衣房里，熨得整整齐齐，随时可以穿走。”特蕾莎说。三人遗体其后在海上下葬。海葬结束后，海岸警卫队“锤头鲨”号巡逻艇接送了肯尼迪家族和贝塞特家族的亲属。
搜救期间，海岸警卫队接到大量“离奇”来电，其中一些来电者相信三人仍然在世。“有一个说法是，小约翰·肯尼迪正待在AOL聊天室里。人们已经是不管什么都愿意信了。”韦伯斯特说。海岸警卫队还收到一份传真，来自纽约市一家不愿具名的灵修组织。该组织声称依据对三人“磁场光环”的分析，断定他们已经死亡。“我之所以对这件事记得这么清楚，是因为那是周日联合指挥所刚启用时，我们收到的第一份外部来函。当时的感觉就是：‘天哪，这也太离奇了。’”韦伯斯特回忆道。
