自90年代日本资产泡沫破裂后，日本通缩压力持续，经济增长停滞。为刺激经济，日央行自1999年起率先实施零利率政策，并在2001年推出全球首个量化宽松计划。即便在2006–2007年短暂将政策利率上调至0.5%，其水平仍远低于同期美联储5.25%的联邦基金利率。
投资者只需支付极低利息即可借入日元，将其兑换为美元、澳元、新西兰元或新兴市场货币，再投资于高收益资产：美国国债、公司债、抵押贷款支持证券(Mortgage-backed securities)、股票，甚至巴西、韩国、南非等国的主权债券或本地股市。
据国际清算银行（Bank for International Settlements）和多家投行估算，2007年全球未平仓的日元套利头寸可能高达3–4万亿美元，相当于日本GDP的60%以上。
大量资金通过伦敦、新加坡、纽约等离岸金融中心流入美国次贷市场和新兴经济体。
尤其在美国，金融机构将高风险的次级贷款打包成CDO(债务担保证券)等复杂结构化产品，并通过评级机构赋予AAA级信用，吸引包括对冲基金、养老基金及套利资金在内的全球投资者。这些产品承诺5%–8%的年化收益，远高于日元融资成本。
07年4月，美第二大次级房贷公司新世纪金融申请破产，首次发出预警。
随后，全美房价持续下跌，借款人违约率飙升，不动产抵押贷款证券（Mortgage-Backed Security）和担保债务凭证（Collateralized Debt Obligation）价格开始暴跌。当年6月，贝尔斯登旗下两只重仓次贷产品的对冲基金因巨额亏损被迫清盘，危机开始从边缘市场向主流金融体系蔓延。
08年3月，华尔街第五大投行贝尔斯登因流动性枯竭被摩根大通收购；7月，房利美与房地美两大住房抵押贷款巨头因资不抵债被政府接管；9月7日，美国财政部正式接管“两房”；9月15日，拥有158年历史的雷曼兄弟申请破产，彻底摧毁了全球金融体系的信任基础。
一方面，所持高收益资产(如美股、新兴市场债券、担保债务凭证)价值大幅缩水，投资组合严重亏损；另一方面，融资市场冻结，杠杆难以为继，追加保证金要求迫使机构紧急平仓。
首先，投资者必须卖出所持风险资产以回笼现金；其次，由于原始负债是以日元计价，他们必须将所得外币(如美元)兑换回日元，以偿还贷款；这一行为直接推高日元需求，导致日元快速升值。而日元升值本身又进一步侵蚀套利头寸的汇兑收益——原本预期日元贬值带来的利润转为巨额亏损，触发更多投资者平仓，形成恶性循环。
日元对美元汇率从2008年7月的约110日元/美元一路升值至2009年3月的90以下，累计升值近30%。若从2007年高点124计算，涨幅接近28%。这一升值并非源于日本经济基本面改善，而是纯粹由金融头寸调整驱动。事实上，日本出口因全球需求萎缩而断崖式下滑，2008年第四季度GDP环比萎缩15.2%，创战后最大跌幅。
日本经济虽然不行，但日元作为全球主要融资货币的地位，反而使其在危机中成为资本回流的终点站。
此前，大量日元套利资金以本地货币形式流入韩国、巴西、南非、匈牙利等地，支撑当地资产价格、推升本币汇率，并压低借贷成本。日元回流，这些国家立即面临资本外逃、本币贬值和信贷紧缩三重压力。
欧洲银行体系因大量持有美元计价资产且高度依赖短期美元融资(尤其是通过回购市场)，在日元套利平仓引发的美元流动性枯竭中遭受重创。许多欧洲银行不得不抛售美元资产换取美元现金，进一步压低资产价格。这种跨境资产负债错配加剧了金融动荡，并为2010年爆发的欧债危机埋下伏笔。
同时，全球股市、大宗商品和信用市场同步暴跌。
2008年危机中，日元套利交易多通过离岸金融中心操作，由对冲基金、投资银行自营部门及影子银行体系主导，缺乏透明度、资本约束和中央清算机制。各国监管机构普遍聚焦于国内银行体系的资本充足率和流动性覆盖率，却忽视了由货币政策差异驱动的全球套利结构所蕴含的系统性风险。
更深层次的问题在于，全球化时代的货币政策已无法局限于国内目标。
日本央行虽出于内需考虑维持超宽松立场，但其政策通过套利渠道产生的外溢效应，客观上放大了全球金融周期的波动幅度。
2013年安倍晋三推出“三支箭”经济政策，日本央行实施“质化量化宽松”(QQE)，将政策利率压入负区间，并大规模购买ETF和房地产信托(J-REITs)。日元再度成为全球套利资金的首选融资货币。2015–2018年美联储加息周期中，美日利差再度扩大，套利交易再度活跃，资金大量流向美股和新兴市场。
即便在2020年新冠疫情引发的市场动荡中，日元仍因套利平仓需求而阶段性走强；2022年俄乌战争爆发后，日元再次因避险情绪升值。
