蒙古人西征之后，成吉思汗次子察合台在中亚建立了察合台汗国，蒙古人开始定居在中亚，长期和突厥人生活在一起，蒙古人开始突厥化，使用突厥语言，皈依伊斯兰教。
察合台汗国分裂之后，突厥化蒙古贵族帖木儿灭掉西察合台汗国，建立帖木儿帝国。帖木儿于1398年入侵印度，曾经占领德里，屠杀了近十万战俘而回。
128年之后，帖木儿的后裔巴布尔再次兵临德里城下，不过这次蒙古人没有走，而是留在印度建立起长达300余年的莫卧儿王朝。
古代印度最后一个统一王朝是莫卧儿王朝，莫卧儿波斯语的意思就是蒙古。
莫卧儿王朝的缔造者巴布尔1483年出生于乌兹别克斯坦的费尔干纳，母亲是东察合台汗国大汗羽奴思的女儿，为成吉思汗后裔。1494年，巴布尔的父亲死亡，年仅11岁的巴布尔继承王位。此时帖木儿帝国已经四分五裂，帖木儿的后裔争相夺取帖木儿帝国的首都撒马尔罕，1497年，年仅14岁的巴布尔短暂夺取帖木儿帝国的首都撒马尔罕。
此时，乌兹别克大汗昔班尼汗也开始入侵帖木儿帝国，昔班尼自称是成吉思汗长术赤长子的后裔，同样也是突厥化的蒙古人。
1500年，昔班尼率领乌兹别克人占领了布哈拉和撒马尔罕，建国130年的帖木儿帝国灭亡。1501年，昔班尼击败巴布尔，巴布尔被迫南下。1504年开始，巴布尔占领了现在阿富汗境内的喀布尔和坎大哈。昔班尼穷追不舍，继续进攻，巴布尔被迫放弃喀布尔向南亚撤退。
实力大增的昔班尼想和奥斯曼帝国联合夹击波斯的萨法维帝国，1510年，昔班尼被波斯击败于土库曼斯坦境内的梅尔夫，旋即被杀。
在波斯人的帮助下巴布尔收复了喀布尔和坎大哈。中亚当时已经有昔班尼汗国。
1519年开始，巴布尔占领了现在的巴基斯坦，首次入侵印度失败，退回喀布尔。
1525年，巴布尔再次入侵印度。1526年，巴布尔占领德里，突厥人建立长达320年的德里苏丹国被灭。巴布尔自封为印度皇帝，建立起了莫卧儿王朝。1530年，巴布尔感染疟疾在德里身亡。
巴布尔作为帖木儿帝国的直系子孙，莫卧儿王朝也可以看做是帖木儿帝国的延续。巴布尔作为开国之君，除了军事才能出众，也有很深的文学素养，巴布尔还精通波斯语和察合台语，并撰写了一本自传。
巴布尔死后，其子胡马雍继承王位。1539年，印度北部的阿富汗人舍尔沙发动起义，起义军击败胡马雍占领了德里。胡马雍流亡波斯，在波斯朝廷任职并在波斯生活了十余年。舍尔沙在印度建立长达15年的苏尔王朝，莫卧儿王朝短暂灭亡。
1545年，舍尔沙死亡，胡马雍向波斯借兵开始收复领土，1555年，胡马雍重新占领了德里，莫卧儿王朝再次统治印度，遗憾的是第二年胡马雍便去世了。
胡马雍年仅13岁的儿子阿克巴登基。胡马雍去世之后，德里又重新被阿富汗人占领。1556年，阿克巴击败阿富汗人重新夺回德里。但因阿克巴年幼，莫卧儿王朝的政权被权臣掌握。阿克巴通过一系列斗争，于1562年亲政。
亲政之后阿克巴开始四处征战，莫卧儿王朝占据了现在阿富汗部分领土和巴基斯坦及印度绝大部分领土。阿克巴执政时期实行开明的宗教政策，取消非穆斯林的人头税。
莫卧儿王朝在阿克巴的治理下达到全盛时期。1605年，阿克巴去世。莫卧儿王朝又维持了半个世纪的辉煌。后来莫卧儿王朝陷入纷争开始衰落。1857年被英国人所灭。
莫卧儿王朝及前身帖木儿帝国的建立者都是突厥化蒙古人，蒙古人数量在中亚人不并不占优势，长期受到突厥人的影响，逐渐放弃蒙古语，使用察合台语、波斯语等语言，莫卧儿王朝蒙古贵族通用波斯语，并皈依伊斯兰教。
莫卧儿的士兵也主要由蒙古人、突厥人和阿富汗人构成。
莫卧儿王朝的建立者巴布尔还有明显的蒙古人特征，巴布尔长期和波斯人接触，精通波斯语。其妻子则是波斯贵族后裔，长子胡马雍就是蒙古人和波斯人的混血。胡马雍已经明显具有波斯人的长相。
胡马雍被驱逐出印度之后流亡波斯十余年，在波斯期间和一名波斯学者的女儿成婚，后来胡马雍正是依靠波斯人击败印度的阿富汗人，重返印度复国。
胡马雍的长子就是莫卧儿王朝最著名的皇帝阿克巴大帝，阿克巴的祖母和母亲都是波斯人，身上再也看不到一点蒙古人的影子。之后的莫卧儿皇室延续了娶波斯女子为妻的习惯。泰姬陵就是莫卧儿王朝第五任皇帝为了纪念波斯妻子而建的陵墓。
远征而来的少量蒙古人则完全同化于印度各民族之中。这些包含蒙古人在内的多个民族混血莫卧儿后裔被称为莫戈尔人。莫戈尔人作为混血民族莫戈尔人的相貌完全中亚化，现在人口约175万。他们已经丧失了自己的语言，使用印地语和乌尔都语。
从蒙古高原到中亚，蒙古人开始突厥化，而进入印度的蒙古人又长期和波斯人通婚，又被波斯化。最终蒙古人融入到波斯人和印度人之中，再也看不到蒙古人的影子。蒙古是莫卧儿王朝的名字，蒙古人在印度最终从一个民族成为一个符号和象征。
